La vallée de la Garonne et celle du Lot forment l’un des grands vergers et potagers du Sud-Ouest. Autour d’Agen, de Villeneuve-sur-Lot et de Marmande, les pruneaux, les tomates, les fraises, les noisettes et les kiwis alimentent un tissu de stations de conditionnement, de transformateurs, de négociants et de fabricants d’emballages. La technopole Agropole d’Agen a réuni des entreprises de transformation et des laboratoires autour de l’agroalimentaire. Ces PME de vingt à cent salariés, souvent issues d’exploitations familiales, dépendent de contrats avec la distribution et de relations d’approvisionnement avec les producteurs de la vallée.
Agen accueille un pôle pharmaceutique reconnu, avec des sites de production et de conditionnement qui ont fait naître des sous-traitants en logistique réglementée, en maintenance et en emballage. La position du département sur l’A62 entre Bordeaux et Toulouse, doublée du canal latéral et de la ligne ferroviaire, a favorisé l’installation de plateformes logistiques et de transporteurs à Agen, à Marmande et à Tonneins. Ces entreprises de transport, de messagerie et d’entreposage vivent des flux agroalimentaires et des échanges entre les deux métropoles, et se transmettent à des groupes de logistique ou à des dirigeants du secteur.
Le Lot-et-Garonne conserve aussi une industrie diffuse : mécanique et chaudronnerie dans le Fumélois, héritage de la métallurgie, menuiserie et bois autour de Casteljaloux et du Pays d’Albret, coopératives viticoles de Buzet et de Duras, fabricants de matériel agricole et d’irrigation qui équipent les vergers de la vallée. Le bâtiment et les travaux publics, portés par Agen et par les bastides du Villeneuvois, complètent ce tissu. Ces entreprises industrielles et de bâtiment de taille intermédiaire forment, avec l’agroalimentaire, l’essentiel des cessions structurées du département.