La Bourgogne-Franche-Comté juxtapose deux anciennes régions aux tempéraments économiques distincts. À l'est, la Franche-Comté est un pays d'industrie manufacturière : microtechniques à Besançon, automobile dans l'aire Belfort-Montbéliard, énergie et ferroviaire à Belfort, lunetterie, plasturgie et bois dans le Jura. À l'ouest, la Bourgogne mêle agroalimentaire et pharmacie à Dijon, nucléaire et métallurgie au Creusot, viticulture de la côte de Nuits à Chablis et au Mâconnais, logistique dans l'Yonne. Un dirigeant qui cède une PME ne s'adresse donc pas au même marché selon qu'il est à Morteau ou à Sens.
Les axes structurent ce marché. La Saône et les autoroutes A6, A31, A36 et A39 relient Dijon, Chalon-sur-Saône, Mâcon et Besançon à Lyon, à Paris et à l'Alsace ; la LGV Rhin-Rhône a rapproché Belfort et Besançon de Paris. Le long de ces corridors, les entreprises de transport, de logistique et de négoce se sont multipliées, et les acquéreurs extérieurs circulent facilement. À l'écart, la Nièvre, le nord de la Côte-d'Or, la Haute-Saône et le Haut-Jura ont des bassins plus isolés, où le vivier de repreneurs est réduit et où la cession se prépare avec plus d'anticipation.
La frontière suisse, du Territoire de Belfort au Jura en passant par le Haut-Doubs, est une particularité régionale. Les cantons du Jura, de Neuchâtel et de Vaud absorbent une part importante de la main-d'œuvre frontalière et commandent une sous-traitance de précision installée à Delle, Morteau, Maîche ou Les Rousses. Cette proximité donne accès à des acquéreurs suisses en quête de capacités en zone euro, mais elle crée aussi une concurrence salariale et une dépendance au franc suisse dont tout repreneur voudra mesurer les effets.
L'agroalimentaire d'appellation traverse toute la région : comté, morbier, saucisse de Morteau, volaille de Bresse, charolais, moutarde et cassis de Dijon, vins de Bourgogne et du Jura. Les entreprises qui vivent de ces produits, fruitières, affineurs, salaisons, maisons de négoce, transporteurs spécialisés, fabricants d'emballage, se transmettent avec des stocks, des contrats d'approvisionnement, des agréments et parfois du foncier. Leur valorisation demande de distinguer l'activité, le patrimoine et la notoriété de l'appellation, et l'échange préalable avec un interlocuteur expérimenté en devient d'autant plus utile.
