Le Sénonais est la porte de l'Île-de-France. Autour de Sens, de Pont-sur-Yonne et de Villeneuve-sur-Yonne, l'A5, l'A6 et l'A19 ont attiré des plateformes logistiques, des transporteurs, des entreprises de conditionnement et des sous-traitants industriels qui travaillent pour des clients franciliens tout en bénéficiant d'un foncier accessible. Ces PME de logistique et de services, parfois créées par des dirigeants venus de la région parisienne, se transmettent aujourd'hui dans un marché où les acquéreurs franciliens sont aussi présents que les bourguignons, une situation propre à ce département.
Autour d'Auxerre, de Joigny et de Migennes, le tissu est plus industriel et agricole : mécanique, ferroviaire lié au nœud de Laroche-Migennes, agroalimentaire tiré par les grandes cultures du plateau de Bourgogne, transformation de céréales, agroéquipement, BTP. Le vignoble de Chablis, avec l'Auxerrois et le Tonnerrois, fait vivre un négoce, des prestataires viticoles et des entreprises de transport spécialisé dont les codes de valorisation intègrent les stocks et parfois du foncier. Auxerre concentre aussi les entreprises de services aux entreprises du département.
Le sud et l'ouest sont plus ruraux. Avallon, sur l'A6 aux portes du Morvan, garde de la mécanique, du bois et du BTP ; la Puisaye, autour de Toucy et de Saint-Fargeau, vit d'agriculture, de bois et de petites industries ; Tonnerre et Saint-Florentin ont conservé quelques sites de transformation. Ces PME, éloignées des axes rapides, sont souvent détenues par un dirigeant qui possède les murs et qui n'a pas de successeur dans la famille. Leur cession suppose d'atteindre des repreneurs qui accepteront de s'installer.